Tatkala bertemu lagi dengan Ainun yang sudah lulus jadi dokter, Habibie (yang saat itu sudah bergelar insinyur) mengatakan, ”Kok gula Jawa sudah jadi gula pasir?”
Kemudian, kisah cinta ini pun berlanjut. Rudy bisa kembali ke Tanah Air setelah mendapat hadiah karena desain gerbong kereta api yang dilombakan dalam sayembara Deutsche Bundesbahn menang.
Ainun, yang saat itu sudah bekerja di Bagian Anak FKUI, lalu menikah dengan pemuda yang sudah ia kenal sejak masa SMA itu pada 12 Mei 1962. (Inilah jalan cerita lain dari Gita Cinta dari SMA, mungkin lebih impian dari kisah Galih dan Ratna yang terkenal itu.)
Ainun pun mengikuti permintaan Rudy untuk ikut ke Jerman, menemaninya melanjutkan studi untuk mencapai doktor insinyur dari Universitas Aachen. Di rantau, keluarga muda Habibie tinggal dengan menyewa sebuah paviliun tiga kamar dan ketika Ainun hamil putra pertama—kelak lahir dan diberi nama Ilham Akbar Habibie—ia merasa paviliun itu akan terlalu kecil bila anak sudah lahir. Mereka pun lalu pindah di rumah susun di Oberforstbach yang lebih lega.
Namun, Oberforstbach terpencil dan Ainun kesepian, jauh dari keluarga, bahkan teman. Sang suami sendiri umumnya pulang larut malam karena harus bekerja dan menyelesaikan program doktornya. Ainun mengerjakan segala sesuatunya sendiri. Ia mengerjakan tugasnya sebagai istri dan calon ibu sepenuhnya. ”Saya belajar untuk tidak mengganggu konsentrasinya dengan persoalan-persoalan di rumah,” kenangnya.
”Saya bahagia malam hari berdua di kamar. Dia sibuk di antara kertas-kertas yang berserakan di tempat tidur. Saya menjahit, membaca, atau melakukan pekerjaan rumah lainnya.” Ainun mengaku, di antara dirinya dan suami terbentuk komunikasi tanpa bicara. Semacam telepati, katanya.
Setelah anak kedua—Thareq—lahir, dan Habibie makin sibuk, Ainun pun banyak merangkap tugas sebagai ayah dan sopir bagi kedua anaknya. Tapi, karier Habibie meningkat dan ia ingin sang istri mengikuti. Ainun pun bergaul dengan lingkungan suami: di sana ada banyak ilmu, teknologi, bisnis, yang terus meningkat.
Namun, suatu saat, ketika biaya hidup meningkat, Ainun memberanikan diri bekerja. Saat itulah ia merasa sebagai wanita mandiri dengan gaji lebih dari cukup. (Ia bisa membantu suami membeli tanah dan rumah di Kakerbeck, di luar kota Hamburg).
Namun, satu hari Thareq sakit dan hatinya pun patah. Anak orang diurus, anak sendiri kurang terawat, ujarnya. Akhirnya ia berhenti bekerja dan kembali ke falsafah hidup ketika di Oberforstbach, yang mengutamakan kepentingan anak dan keluarga daripada kepuasan profesional dan gaji tinggi.
”Menyesalkah saya mengambil keputusan itu? Menyesalkah saya berketetapan menjadi pencinta, istri, dan ibu? tanyanya tanpa jawab tahun 1986 yang dimuat lagi dalam Testimoni.