Di titik inilah dialog-dialog "berat" soal keimanan dan ketaatan seseorang terhadap agamanya mulai muncul.
Melihat keempat warga desa dengan rela menerima kematian, Pastor Rodrigues mulai mengalami keraguan.
Rodrigues mempertanyakan, mengapa Tuhan tak membantu keempat warga desa yang disiksa hingga tewas itu.
Meski demikian, dia masih bisa menguatkan diri dan kembali ke tujuan awalnya yaitu melayani umat Katolik dan memastikan keberadaan Pastor Ferreira.
Rodrigues kemudian berangkat ke Pulau Goto tempat Ferreira pernah bekerja. Namun, desa-desa di tempat itu sudah hancur.
Kondisi itu membuat Rodrigues mempertanyakan tujuannya dan mulai berpikir bahwa kegiatannya di Jepang itu justru memberikan penderitaan bagi orang lain.
Setelah berjalan tanpa arah beberapa hari, Rodrigues tertangkap pasukan pemerintah dan dibawa ke kota Nagasaki. Di sana dia dipenjarakan bersama umat Katolik yang ditangkap dari Pulau Goto.
Dari dalam penjaranya itulah Rodrigues menyaksikan bagaimana umatnya disiksa bahkan dibunuh jika tak mau menginjak gambar Yesus atau meludahi salib.
Rodrigues bahkan dibawa menghadap Gubernur Nagasaki Inoue Masashige yang membujuknya agar meninggalkan agama Katolik demi nyawa umatnya.
Rodrigues bahkan dibawa menemui Pastor Ferreira yang ternyata masih hidup tetapi sudah meninggalkan agama Katolik, memiliki istri, dan anak.
Lalu bagaimanakah pergulatan iman Pastor Rodrigues? Apakah pastor muda nan idealis itu tetap kukuh dengan imannya atau akan mengikuti jejak Ferreira?
The Last Temptation of Christ
Menyaksikan film ini tak ayal membuat ingatan kembali ke salah satu karya terbesar Scorsese yaitu The Last Temptation of Christ (TLTC) yang dibuat pada 1988.
Silence dan TLTC yang sama-sama diadaptasi dari novel. Keduanya menyajikan sisi kemanusiaan dari sosok-sosok religius.
Dalam TLTC, Scorsese mencoba menyuguhkan sisi kemanusiaan Yesus yang diperankan Willem Dafoe.